Enquanto Tomás de Aquino acredita ter muito conhecimento a partir da teologia e filosofia, Descartes duvida de tudo a princípio. Enquanto São Tomás de Aquino fez uma adaptação de Aristóteles ao Cristianismo, revivendo o influente autor grego em sua época, Descartes pode ser considerado como redescobridor de Platão.
Tomás de Aquino, como seguidor de Aristóteles, parte da experiência sensorial e usa muito do empirismo. Para ele a verdade está no ente, cabe a nós ter capacidade de enxergá-la. Do lado oposto Descartes considera isso impossível. O racionalista não aceita premissas empíricas porque dúvida da existência de tudo, com exceção de seu pensamento, onde está a única verdadeira prova da existência.
Para Descartes a fé independe da razão, e se situa no campo da vontade. Tomás discorda, afirmando que a vontade apenas orienta a fé, mas não a determina. Os dois concordam com a existência de Deus, em aspectos como causa das coisas e perfeição, apesar de usarem meios diferentes para chegar a tal conclusão e essa conclusão não ser exatamente a mesma coisa.
Descartes afirma como verdadeiro o pensamento. Tomás de Aquino assume como verdadeiro tudo que é pensado, por Deus ou pelo homem. Porém, enquanto o filósofo medieval afirma que as coisas são boas e verdadeiras em si, o francês admite a possibilidade de que o que ele sabe pode ser erro, induzido por algum gênio maligno. Em algo os dois concordam claramente: na incapacidade dos sentidos humanos de enxergarem a totalidade da realidade.
